La historia del fila Brasileiro se remonta  aproximadamente a entre 3 y 4 siglos.
No se sabe con certeza cual fue la formación de la raza, la verdad es que hay varias teorías sobre su origen.
En "El gran libro del Fila Brasileiro", de Procópio do Valle y Enio Monte, encontramos diversas versiones al respecto del pasado de la raza.
 

Dice Paulo Santos Cruz que el Fila Brasileiro podría ser el resultado de cruzamientos entre el Viejo Mastiff Ingles con el perdiguero brasileiro o ser una raza traída de Portugal por los colonizadores y que habría sido modificado por el medio ambiente local; o también podría ser el resultado de cruzamientos de Mastiff, Bloodhound y Bulldog Ingles.
De las tres, la última , según el autor, es la mas justificable. Según el, el Fila heredó características de estructura como la forma del cráneo, grupa y dorso, por ejemplo del Mastiff. La piel suelta, la mirada triste, y el olfato agudo, habría heredado del Bloodhound. Del Bulldog, además del temperamento violento, heredó la coloración, que de acuerdo con los entendidos, sería proveniente del antiguo Bulldog.
Los autores del libro contestan las hipótesis de Paulo S.Cruz, diciendo que exactamente no pasan de ser suposiciones. Ocurre que no existe ninguna prueba concreta y mucho menos, datos que confirmen esas ideas. Para los autores, no hay registro de que perros similares hayan llegado con los inmigrantes Portugueses.
 

Joao Batista Gómez, afirma que el Fila Brasileiro sería originario de su homónimo, el Fila Terceirense (de la isla tercera, localizada en el archipiélago de los Azores).
Ese perro habría sido llevado a Brasil masivamente, al punto de haber ocasionado prácticamente su extinción en su país de origen.
Con la llegada de D.Joao VII, según Joao Gomes, llega a Brasil, el Mastín Ingles. A partir de cruzamientos casuales hubo mestizajes entre el Fila Terceirense y el Mastín.
De acuerdo con este autor, esta es la única manera justificable de explicar la aparición del Fila Brasileiro.
La contestación de "El Gran Libro del Fila Brasileiro" es la siguiente. Los autores de esta obra  investigaron ampliamente la historia del Fila Terceirense, y encontraron poquísimo material sobre el. Afirman que si este perro era tan común en la época en que fue enviado en gran cantidad para Brasil, debería, por lo menos, haber citaciones importantes sobre el mismo lo que raramente ocurre en bibliografías Lusitanas.
Además de esto, se habla con frecuencia que el "rabo corto", característica marcante del Fila Terceirense, que además constituía  gen dominante en él.
Curioso es notar que no existe ningún Fila Brasileiro con ese tipo de rabo.
 

Este autor dice que el Fila Brasileiro sería proveniente de perros Europeos, como el Mastiff Inglés, Bloodhound y Bulldog Inglés entre otros perros salvajes existentes en Brasil.
Cita como ejemplos, perros indígenas como el Aracambé, del Tapuia; o Guará, un perro salvaje Brasileiro; y los Alcados o "perros de la calle".
Procópio do Valle y Enio Monte van al encuentro de las ideas de Peltier, cuestionando el por que los colonos cruzarían perros domésticos, de gran porte y utilidad, con animales salvajes e intratables.
Sería incoherente que se  cruzara  un perro ya domesticado con uno salvaje.
Estudios revelaron que, de los perros salvajes citados, solo el Aracambé tendría la posibilidad de haber participado en cruzamientos con perros Europeos.
Con todo, después de tiempo de  investigar se descubrió que el Aracambé era poco mayor que un Gambá, de la familia de las Martas, por lo tanto la teoría es  poco probable.
 

La ultima teoría sobre la formación del Fila en el referido libro, es del propio autor Procópio do Valle.  El comienza definiendo "Perro de Fila", como siendo un perro grande y bravo, de especie vulgar.
Perro de Fila, de filar o filhar ("verbo que en español significa agarrar"), es un perro que agarra la presa y no larga.
Sigue el autor diciendo, entonces, que es así un perro de guarda y un perro mestizo, característica del grupo de los Mastiff.
El autor defiende la tesis del "ciclo", donde estarían ínter ligados cinco elementos: la flora, la onça (felino que habita en Brasil), el hombre, el ganado y el perro fila.
La flora era el país "en el inicio de los tiempos". En ella habitaba la tan temida onça. El hombre comenzó a poblarla levantando casas y cuidando la tierra.
Así mismo comenzaron a criar ganado. Para proteger el ganado nada más prefecto que un perro de fila. En tanto duraran la flora y la onça, el perro de fila sobrevivió.
Después, se torno innecesario y casi se extinguió.
Apenas en Minas Gerais, donde se dio otro ciclo, de acuerdo con Procopio do Valle, ese perro fue mantenido todavía por mucho tiempo.
Con el desenvolvimiento de la ganadería lechera, los perros fueron mantenidos con alimento en abundancia, siendo preservado con robustez y salud.
Según él, ese perro de fila sería originario del Engelsen Doggen, o más exactamente del Dogo de Fort Race, oriundo de Inglaterra y llevado para Pernambuco, a partir de 1631 por los holandeses.
Según Procópio do Valle, su relato está fundamentado en grandes buscas en bibliotecas, y basado en datos y registros hechos por exploradores, viajantes e historiadores.
A través de este estudio él concluye que uno de los principales puntos a ser tenido en cuenta es la elección del Dogo de Fort Race y no del Mastiff o del Bulldog para  "ancestral" de Fila Brasileiro. Para él, las razas frecuentemente apuntadas en otras teorías no presentan justificativos convincentes.
Observando grabados, notamos que los perros tenían hocico bien largo, siendo poco probable que lo hallan adquirido de un Bulldog. Además, en Inglaterra predominaba la mezcla del Bulldog con el Mastiff, siendo muy difícil encontrar un Mastiff puro, continúa el autor diciendo que el Bulldog se degeneró cuando dejó de ser utilizado contra los indios y negros en las Américas. 
 

El escenario de la descendencia del Fila Brasileiro es muy oscuro.
No se puede afirmar nada con certeza. Lo que se sabe apenas es que vive muy bien en el campo haciendo la guardia de la propiedad y lidiando con el ganado. más tarde fue llevado a la ciudad, acompañando a sus dueños que dejaban el campo.
Percibiéndose, entonces, que se trataba también de un excelente guardián para las casas de las ciudad.